かつて異能テロに巻き込まれ、自身も異能を操る存在《ルーンズ》として覚醒した鷹城柊矢（たかじょうとうや）は、妹と共にルーン能力者達が集う学園島「ルーン・レルム」へと足を踏み入れる。
だが、そこで彼は能力計測の結果“最下位”の烙印を押されてしまう。
能力の序列が絶対的な価値を持つこの地で、周囲から虐げられる柊矢の前に《君主》ティリスが現れる。彼女はどうやら柊矢と面識があるようで――!?
“最下位”の《ルーンズ》が覚醒するとき、《覇王の時間（エンペラータイム）》が姿を現す！
最下位から覇王の座へ駆け上がる、異能革命ファンタジーバトル、開戦！
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