7993年4月――100年先の技術力を持つコートボニー教授が、長い冬ごもりを終え地上に帰ってきた。時を同じくして発明家の卵、スービ・キュージットは所属する現代魔工機研究会で“飛空艇開発”に取り掛かることに。そんな実験の最中、彼らの前に現れたのは大学で『時間軸さん』と呼ばれる、美少女・リペルディ。
「本当よ、あなたの実験はぜったいに失敗する。だから、やめておきなさい」
彼女が残した不穏な一言から間もなく……予言通りに飛空艇実験は失敗してしまい!? そして再び現れたリペルディは告げる――「世界初の飛空艇開発の栄誉は先に何者かに取られてしまう」と。スービが予言（みらい）を変えるため発明する！
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