自由な校風を掲げる新設校『私立神咲高校』へと進学した玄乃深夜は、そこで一人の少女と出会う。
理事長代理を務める彼女――神咲理々奈は、新入生代表の挨拶で『eスポーツ部の設立』を宣言し、その部員へと深夜をスカウトしたのだ。
深夜は戸惑いつつも理々奈の想いに胸を打たれ、誘いに応じ入部した。部活では理々奈の助言によって、秘められていた才能を発揮していく。
ある日、深夜は、彼女が驚くべき経歴の持ち主であることを知る。それだけでなく、理々奈は何やら大きな秘密を抱えているみたいで……？
仮想空間内で繰り広げられるサバイバルゲーム『アンドレスミラージュ』を舞台に、少女たちは戦場を駆ける。
『最強の女神に導かれ、少女たちは戦場を駆ける【分冊版】3』には「第五章 それでは発表します」（後半）～「第七章 このチームにはわたしがいます」までを収録
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