2040年、上空に突如出現した穴から人類の敵が降臨した。
またたく間に地球上を恐怖と嘆きで満たした略奪者。人類は彼らを「ブリガンテ」と名付けた。
圧倒的な脅威の前に絶望する人類の最後の希望。
対ブリガンテ専用の討伐部隊、フラッグアーマーを身にまとう戦士たち。
彼らを人々は「旗本」と呼ぶ。
日本の旗本となった刀侍は、中国、フィリピン、デンマーク、イギリス、南アフリカ、チリの旗本たちとチームを組むことになった。
さまざまな思いを胸に人類の敵であるブリガンテに立ち向かう旗本たち。
ブリガンテとの戦いで旗本たちが奮闘する中、子どもを助けようとした刀侍に絶体絶命の危機が迫る……！
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